Dès le 17 décembre 2004, le réseau Noctambus a entièrement été réactualisé. La fréquence des bus en zone urbaine a été intensifiée et atteint 20 à 30 minutes jusqu'à deux heures du matin tous les vendredis et samedis soirs. Ces lignes suivent le tracé diurne et s'arrêtent à tous les arrêts des 10 lignes concernées. D'autre part, les lignes régionales ont été réadaptées de manière à assurer un service optimal jusqu'à 3h45 au tarif unireso. Enfin, la présence de modérateurs Noctambus à bord des véhicules est augmentée afin de poursuivre le travail de prévention et d'améliorer la qualité des conditions de transport.
Le 16 novembre 2005 l'ensemble des actions de prévention et le projet de promotion du respect sur le réseau Noctambus a reçu la distinction du jury au concours de l'innovation des Transports Publics de l'Association suisse des Transports et de l'Environnement.
Le 28 février 2006 les Noctambus ont eu un air de fête avec une soirée anniversaire organisé avec un jeu concours qui a récompensé les gagnants au cinéma Pathé Balexert.
Le 17 décembre 2008 les communes d’Ambilly, Annemasse, Gaillard, Vetraz-Monthoux et Ville-la-Grand rejoignent Noctambus. Le résau Noctambus dessert dorénavant 69 communes : 45 genevoises, 13 vaudoises et 11 françaises.
Dès le 17 décembre 2004, le réseau Noctambus a entièrement été réactualisé. La fréquence des bus en zone urbaine a été intensifiée et atteint 20 à 30 minutes jusqu'à deux heures du matin tous les vendredis et samedis soirs. Ces lignes suivent le tracé diurne et s'arrêtent à tous les arrêts des 10 lignes concernées. D'autre part, les lignes régionales ont été réadaptées de manière à assurer un service optimal jusqu'à 3h45 au tarif unireso. Enfin, la présence de modérateurs Noctambus à bord des véhicules est augmentée afin de poursuivre le travail de prévention et d'améliorer la qualité des conditions de transport.